Agencija za plaćanja u poljoprivredi, ribarstvu i ruralnom razvoju je javno tijelo nadležno za operativnu provedbu mjera izravne potpore, mjera ruralnog razvoja, mjera za pomorstvo i ribarstvo (u dijelu delegiranih funkcija) i mjera zajedničke organizacije tržišta, kao i vođenje upisnika i registara te održavanje i korištenje Integriranog administrativnog i kontrolnog sustava (IAKS-a) preko kojeg se zaprimaju, obrađuju i kontroliraju izravna plaćanja poljoprivrednicima.

U koordinaciji s Ministarstvom poljoprivrede provodi mjere Zajedničke poljoprivredne politike i Zajedničke ribarstvene politike koje se financiraju iz državnog proračuna Republike Hrvatske i proračuna Europske unije. To znači da je Agencija za plaćanja dio sustava upravljanja i kontrole sljedećih fondova:

Europskog fonda za jamstva u poljoprivredi (EFJP) iz kojeg se financiraju mjere izravne potpore i mjere zajedničke organizacije tržišta
Europskog poljoprivrednog fonda za ruralni razvoj (EPFRR) iz kojeg se financiraju mjere ruralnog razvoja
Europskog fonda za pomorstvo i ribarstvo (EFPR) iz kojeg se financiraju mjere za pomorstvo i ribarstvo.

Agencija za plaćanja svoj rad temelji na akreditiranim procesima i procedurama Europske komisije u skladu s Uredbama i unaprijed određenim kriterijima primjenjivim za provedbu Zajedničke poljoprivredne politike (ZPP) i Zajedničke ribarstvene politike (ZRP).

Agencija upravlja sljedećim upisnicima i bazama podataka:

Upisnik poljoprivrednika s 165.712 registriranih poljoprivrednika
ARKOD–sustav za digitalnu identifikaciju zemljišnih parcela; te prateći registri (vinogradarski registar, registar primarnih proizvođača hrane, registar subjekata u ekološkoj proizvodnji),
ISAP–centralizirana elektronska bazu podataka (za istovremeni unos podataka sa svih 26 lokacija APPRRR u RH) i
AGRONET–zaštićena internetska aplikacija putem koje poljoprivrednici pregledavaju podatke o svom gospodarstvu te u kojoj elektronski popunjavaju zahtjeve za potpore.

Djeluje putem središnjeg ureda u Zagrebu i 21 podružnice te 4 ispostave.

Rad Agencije za plaćanja nadzire Upravno vijeće koje imenuje Vlada Republike Hrvatske, a čiji je predsjednik ministar poljoprivrede. Ostali članovi su po jedan predstavnik Ministarstva poljoprivrede, Ministarstva financija, Ministarstva regionalnoga razvoja i fondova EU, te predstavnik radničkog vijeća Agencije za plaćanja. Rad Agencije za plaćanja također nadziru i druga tijela, kako RH tako i EU, a sve s ciljem osiguravanja učinkovitog sustava upravljanja i kontrole.